Fudżi najwyższy szczyt położony na wysokości 3776 m n.p.m. to nieczynny wulkan znajduje się na wyspie Honsiu, na południowy-zachód od Tokio. Jego ostatnia erupcja przypada na rok 1707. Dla Japończyków Fudżi jest świętą górą i symbolem najwyższego piękna.
Najdłuższą rzeką Japonii jest Shinano, która ma 367 km. Rzeka położona jest na wyspie Honsiu. Średni przepływ wody wynosi 518 m³/s, natomiast powierzchnia dorzecza 11 900 km². Shinano wypływa z góry Kobishi, a swoje ujście ma w Morzu Japońskim. Ze względu na duże różnice poziomów wody na rzece nie jest prowadzona na niej żegluga. Jednakże jej wody wykorzystywane są do nawadniania okolicznych terenów rolnych. Nad rzeką Shinano położone są takie miasta jak: Ueda, Nagaoka oraz Niigata.
Jezioro Hachirogata położone w prefekturze Akita na wysokości 4 m p.p.m jest najniżej położonym punktem w Japonii. Jezioro ma powierzchnię 27,7 km2. Średnia głębokość wynosi 12 m, natomiast maksymalna 35 m. Obecna głębokość i powierzchnia jeziora spowodowana jest interwencją człowieka w naturę. Prawie sto lat temu Hachirogata było drugim pod względem wielkości jeziorem w Japonii. Jednakże intensywna działalność człowieka związana z prowadzeniem procesów melioracji i osuszania jeziora spowodowało nie tylko zmniejszenie jego powierzchni, ale również zmniejszenie zasolenia wód. W konsekwencji utracono ważne miejsce do połowu i hodowli muszli
Najgłębszym jeziorem jest znajdujące się w prefekturze Akita jezioro Tazawa, którego maksymalna głębokość wynosi 423,4 m.
Najwyższym wodospadem jest położony w prefekturze Toyama na wysokości 497 m wodospad Hannoki. Ponieważ wody tego jeziora płyną jedynie w okresie od kwietnia do lipca, kiedy to topi się śnieg za najwyższy wodospad uważa się bliźniaczy wodospad Shōmyō.
