Japońskie dworce są ulokowane na największych węzłach komunikacyjnych – w miejscach tych krzyżują się liczne szlaki kolejowe – zarówno kolei państwowych jak i prywatnych, a także linie metra. Posiadają one niezwykle rozbudowaną infrastrukturę i rozległe zaplecze usługowo-rozrywkowe. W obrębie największych dworców zlokalizowane są często kilkupiętrowe domy towarowe, a długie korytarze gęsto usiane punktami handlowymi i gastronomicznymi potrafią ciągnąć się kilometrami. Największe dworce, zwłaszcza te stołeczne, to często budynki wielopoziomowe, sięgające nieraz kilka pięter nie tylko w górę, ale i w głąb ziemi.
Większość dużych stacji pełni jednocześnie rolę dworców autobusów dalekobieżnych – zarówno linii dziennych jak i nocnych. Wiele jest tak naprawdę małymi miastami, jak np. dworzec Kioto, Nagoja czy też Shinjuku w Tokio. Na terenie wspomnianych stacji znajdują się nawet luksusowe hotele, natomiast w pobliżu większości dworców zlokalizowane są liczne tanie hotele biznesowe. Shinjuku jest najbardziej ruchliwym dworcem świata – szacuje się, że dziennie przez stację przewija się 3,2 miliona osób! Jeżeli dodamy do tego liczbę pasażerów pobliskiego dworca Seibu Shinjuku, który połączony jest z dworcem JR przejściem podziemnym, to okazuje się, że dzienna liczba osób, które korzystają z dworca jest równa ludności Yokohamy! Natomiast pod względem wielkości terminal Shinjuku plasuje się na drugim miejscu na świecie. Zaszczytne pierwsze miejsce należy do dworca Nagoja (prefektura Aichi), który wraz z budynkiem JR Central Towers jest największym (416,565 ㎡) i najwyższym (245 m) dworcem na świecie.
Większość stacji jest z reguły dobrze oznakowana – w japońskich metropoliach powoli stają się normą napisy w języku angielskim, a ostatnio coraz częściej można spotkać także opis w języku chińskim, koreańskim oraz portugalskim (ze względu na sporą społeczność brazylijską w Japonii, głównie w okolicach Nagoi). Główne kierunki wyjść są najczęściej oznaczone stronami świata lub nazwami okolicznych ulic, a poszczególne wyjścia w ich ramach są dodatkowo numerowane. Przed udaniem się w podróż warto dokładnie sprawdzić lokalizację naszego miejsca docelowego i prowadzące do niego wyjście z dworca. Bowiem wyjście na niewłaściwą stronę dworca może nas później kosztować sporo czasu i nerwów. Przykładowo przejście na powierzchni ze wschodniego do zachodniego wyjścia dworca Shinjuku, jeżeli nie znamy skrótu, może zająć nawet pół godziny!
