Jeżeli wybieramy się w podróż pociągiem lub metrem, najprostszym sposobem jest zakup biletu w automacie. Choć jego widok może początkowo onieśmielać, jest to prostsze niż mogłoby się wydawać, ponieważ nowsze urządzenia zostały w większości wyposażone w funkcję zmiany wersji językowej na angielski. Następnie na schemacie linii umieszczonym nad biletomatami należy sprawdzić cenę biletu na interesującej nas trasie. W Japonii nie ma biletów czasowych – opłata za przejazd jest uzależniona od odległości, a nie od czasu podróży. Potem wystarczy wybrać rodzaj biletu (dorosły/ dziecko), cenę i po zatwierdzeniu transakcji uiścić opłatę. Automaty przyjmują zarówno monety jak i banknoty oraz wydają resztę.
Następnie kasujemy bilet w bramce prowadzącej na peron. Próba przeskoczenia bramki – obrazek często widywany w warszawskim metrze – jest z założenia skazana na porażkę, ponieważ przy wejściu dyżurują pracownicy dworca. Co ważne, bilet należy zachować do końca podróży, ponieważ trzeba go ponownie skasować w bramce na stacji docelowej. Jeżeli zdarzy nam się przejechać stację lub kupiliśmy zbyt tani bilet, brakującą kwotę można uiścić w żółtym automacie (Fare Adjustment Machine) przy wyjściu lub u kolejarza przy bramce wyjściowej.
Przy dużej liczbie przesiadek i korzystaniu z różnych przewoźników dobrym rozwiązaniem jest zakup karty Suica (dostępnej na stacjach JR w Tokio i wschodniej Japonii), Pasmo (stacje metra) lub ich regionalnych odpowiedników (np. TOICA w rejonie Nagoi, ICOCA w zachodniej Japonii – Osaka, Kioto, Hiroszima). Kartę można doładować dowolną kwotą, co pozwala zaoszczędzić czas wymagany na każdorazowy zakup biletu. Choć karty różnią się nazwą w zależności od rejonu Japonii, w którym są sprzedawane, po zeszłorocznym ujednoliceniu systemu obejmują one zasięgiem całą Japonię.
